この質問は結構簡単そうで難しい問題かも。

私が証券マンの頃、大先輩に聞いた話では昔の取引所は現在のような電子取引ではなく、場立ちという取引を仲介する人や黒板に株価を書いたりとか、とにかくアナログで取引してたようです。アナログで取引するために、日本全国で取引をするためには、全国に取引所をつくって証券会社はその近くに支店を作って、市場に社員が出向いて取引を仲介したのかも。
その頃は電話があったから地方に取引所がある理由は薄いけど、電話すらなかった時代（そのころから上場企業があるか疑問だが）には、魚市場とか青物市場みたいに、市場は地方毎にもともとあったのかも知れない。

文章がぜんぜんまとまらないけど、「取引所は、もともと大昔から全国各地にあった」ので、その流れが影響している気がするね。

さっきの答えが証券市場ごとに特徴があるか？という質問の答えになってなかった。
旧来の取引所については、さっきの答えが自分の考えだが、最近の新興市場はちがうね。
各地がベンチャー支援をして、地域の産業活性を期待しているんだね。

札幌＝アンビシャス、福岡＝Qボード、名古屋＝セントレックス、大阪＝ヘラクレス、東京＝マザーズ、NEO

どの市場が同違うかについては、それぞれ独自のガイドラインを持っているけど、言わんとすることは「赤字でも、成長性があれば上場してOKです」っていうことでまったく同様の市場。
ただ実際には、マザーズがブランドなので、最近は赤字だとマザーズは受けてくれないんだね。