投資信託に関しては、購入の際にかかる手数料以外の部分は基本的には変わらないです。
また会社によっては外貨建ての投資信託を保有する場合に、口座管理料を取る会社もあるようです。

ですので、もし購入したい投資信託の銘柄がすでに決まっているのであれば、
その2点を確認して選ぶのがいいのではないでしょうか。

最近はネット証券などで、ノーロードファンドという手数料無料の投資信託も増えてますね。

これからはノーロードの商品が多くなってくると思うのでやっぱりネット証券で取引されたほうがいいんじゃないですかね。

１．投信をどこで購入するか

初心者の方なら、それは馴染みの金融機関で、丁寧に説明・アドバイスしてくれるところが一番でしょう。
銀行や証券会社など窓口は申し込み手数料がかかるので、「マネー誌などではネット証券やネット銀行を使うべき」なんてアドバイスされてますが、まず、投資について聞ける先をつくることが重要だと思いますよ。
投資の教科書的な書籍で数冊買えば４，５０００円、１万円分投信買って、窓口でいろいろ教えてもらえばタダですからね。


２．申込手数料

投信にかかるコストのうち、信託報酬はどこでかっても同じです。
一方、申し込み手数料は販売会社によって違います。
いっぱんにリアルな店舗のほうが人件費などコストがかかる分高い傾向があります。

同じ投信（＝同じ運用成績）なら、コストが安い分だけ確実にリターンが高くなるので、中級者以上の方はコストコンシャスに、ネット証券などを利用されるようです。
１０００万購入して、リアル店舗の申込手数料が２％、ネット証券が０％のとき、その差は２０万なので大きいですね。